Σύμφωνα με το σύστημα της Webometrics, για το 1ο εξάμηνο του 2019, το Πανεπιστήμιο Αιγαίου κατατάσσεται όγδοο μεταξύ των ιδρυμάτων τριτοβάθμιας εκπαίδευσης στην Ελλάδα.
Επίσης, σύμφωνα με τη νέα διεθνή θεματική κατάταξη του Times Higher Education World University Rankings 2019 ("Emerging Economies University Rankings 2019"), το Πανεπιστήμιο Αιγαίου βρίσκεται στη θέση 156.